被闹钟叫醒还会引起身体保护性的条件反射，提高体内肾上腺素水平。这种状态如果持续数天、数周、数月，将导致高血压，所以最好可以睡到自然醒。医学研究证实，人类睡眠有其固有的机制，而自然醒是符合人体生物钟规律的。光线是自然醒的必要条件，是人体内的生物闹钟。清晨，人体感受到逐渐变强的太阳光线，褪黑素分泌就会减少，血清素分泌增加，新陈代谢加快，人逐渐从熟睡过渡到浅睡，直到醒来。这就是阴雨天人们往往喜欢赖床的原因。
快节奏的现代生活，使很多上班的人无法享受闲适的睡眠与自然的苏醒，闹钟成了无奈的选择。但实验研究表明，自然醒来与被闹钟叫醒所产生的生理和 心理效应是很不同的。从睡眠状态过渡到清醒状态时，人的呼吸会从16次/分钟提高到24次/分钟，心跳加快10次/分钟，脑电波从8次/秒提高到30次 /秒。如果突然被闹钟叫醒，将使人产生心慌、情绪低落、感觉没睡醒和悬空等不适。如果是从深度睡眠中被突然叫醒，那么，人的短期记忆能力、认知能力，甚至 是计算技能都会受到显著影响，这些能力最多为正常状态的65%，与醉酒者相当。
被闹钟叫醒还会引起身体保护性的条件反射，提高体内肾上腺素水平。这种状态如果持续数天、数周、数月，将导致高血压、睡眠问题和精神压抑。日本工业 健康国立研究所进行的一项研究发现，突然被闹铃惊醒的人比自然醒的人血压更高、心率更快。对此，爱丁堡睡眠中心的专家解释说，人在睡眠时，身体会发生一些 变化，使人更容易在早上发病，闹铃会加剧这个过程。目前已有由闹钟引起猝死的报道。
由于自然醒符合人体生物钟规律，因此，人们应尽量睡到自然醒。具体方法为：坚持有规律的作息时间，在固定的时间就寝和起床。
为此，国外发明了黎明模拟器，它能模拟黎明来临的过程，让卧室逐渐变亮，使人自然醒来。威斯敏斯特大学的心理学家发现，使用黎明模拟器者产生的疲惫等不适症状，比使用闹钟者显著减少。
如果你必须设置闹钟，应采用柔和的声音或音乐。监测移动电话电磁波影响组织的专业人员提醒说，由于电子表也会产生电磁辐射，因此，建议人们将电子闹钟放在距离头部至少1米远的地方。